Непорядок начинается сверху, с тех, кто распоряжается.
Присловье пришло с юга Европы, где оно известно давно. Голова в нём сперва была буквальной: рыба и правда портится с головы, потому что там жабры и внутренности. Перенос на начальство — позднейший.