Непорядок начинается сверху, с тех, кто распоряжается.
Говорят о беспорядке, который идёт сверху: от начальства, от хозяина, от главы семьи. Присловье пришло с юга Европы, и голова в нём сперва была буквальной.
Вся контора распустилась, а начинал директор: рыба гниёт с головы.
Присловье пришло с юга Европы, где оно известно давно. Голова в нём сперва была буквальной: рыба и правда портится с головы, потому что там жабры и внутренности. Перенос на начальство — позднейший.